ЦК „ХИТМОБИЛ“ е изграден/съставен от представители на шест научни института и едно специализирано звено към Българска академия на науките, две юридически лица с нестопанска цел и един университет.

Водеща организация в партньорството е Институт по електрохимия и енергийни системи „Евгени Будевски” БАН ИЕЕС.

ХИТМОБИЛ, използва "федерален“ тип структура за управление на научните дейности, в т.ч. и плана за изграждане на Центъра коя то е подходящ а за една разпределена инфраструктура, включва ща няколко партньорски институции.

Общото управление на ХИТМОБИЛ, координира ежедневната дейност на инфраструктурата по отношение на проектиране и изграждане на 6 иновативни лаборатории и функционирането им по конкретна Работна програма, води единна научна политика, осигурява квалификация и преквалификация, съобразена с нуждите на Центъра, изготвя краткосрочна и дългосрочна стратегия, бизнес план и неговото актуализиране, осигурява лесен достъп до инфраструктурата и др. Обхватът от дейности и мерки за тяхното реализиране (в т.ч. контрол, мониторинг, гъвкава стратегия за навременно взимане на мерки и отстраняване на причини за евентуално неизпълнение на програмните цели), е твърде широк. За повишена оперативност, улеснена комуникация и предпазване от дублиране или пропускане на дейности, е изградена двукамерна структура на управление, включваща: Изпълнителен съвет (ИС) и Съвет на ръководителите (СР).

Общото научно управление се извършва от Екип по научно управление (ЕНУ),  изграден от два изпълнителни органа: Изпълнителен съвет (ИС) и Съвет на ръководителите (СР), подпомагани от Екип за управление на проекта (ЕУП).

Изпълнителeн Съвет

Изпълнителният Съвет (ИС) се ръководи от Председател (представител на Водещата организация), който отговаря за общата координация и управление на научната дейност на ЦК ХИТМОБИЛ. Председателят работи съвместно с 3-ма заместник-председатели с разпределени отговорности, които отговарят за разделените на няколко вида общи дейности.

(I) Технологичен мониторинг (техническо проектиране, изграждане и управление на нови лаборатории и съоръжения, координация с асоциираните партньори);

(II) Научно развитие (научно приложни изследвания, в т.ч. такива с външни потребители);

(III) Управление на знанието и трансфер на технологии (външна и вътрешна комуникация, обучение, повишаване на квалификацията, в т.ч. електронно обучение и разпространение на знания; трансфер на технологии, защита на интелектуалната собственост).

Съвет на ръководителите

Съветът на ръководителите (СР) е оперативна изпълнителна структура, която е в непосредствена комуникация както с трите модула, така и с Изпълнителния съвет. Състои се от тримата ръководители на Модули, които са членове и на Изпълнителния съвет. В Съвет на ръководителите влизат и ръководителите на лаборатории/сектори към Модули 1-3. Съвет на ръководителите е гъвкава структура, чийто състав може да бъде временно разширяван с ръководители на отговорни текущи задачи при оперативна необходимост. Решенията за разширяване/свиване на състава на Съвет на ръководителите се взимат от Изпълнителния съвет.

Консултативен съвет

Консултативният съвет (КС) играе важна роля за определянето и прилагането на дългосрочната стратегия на ЦК ХИТМОБИЛ. Състои се от външни експерти (чуждестранни и български учени и бизнесмени) представители на изследователски институти и фирми както и на други организации с отношение към тематичната ориентация на ЦК „ХИТМОБИЛ“.